Im obersten Stockwerk sind die Büroräume des Zaubereiministers und diejenigen seiner engsten Mitarbeiter. Welche Büros für die aktuellen Aufgabenbereiche gebraucht werden, bestimmt der gerade amtierende Minister.

Im 2. Stock befindet sich die größte der Ministeriumsabteilungen, die Abteilung für Magische Strafverfolgung. Dieser Abteilung sind alle anderen Abteilungen untergeordnet (mit Ausnahme der Bekannt sind in dieser Abteilung:
Die Aurorenzentrale, Die Magische Strafverfolgungspatrouille, der Zaubergamot-Verwaltungsdienst, das Büro gegen den Missbrauch der Magie, das Büro gegen den Missbrauch von Muggelartefakten.

Zu der Abteilung für Magische Unfälle und Katastrophen im 3. Stock gehören das Magische Unfallumkehr-Kommando, die Vergissmich-Zentrale, das Komitee für muggelgerechte Entschuldigungen.

Die Abteilung zur Führung und Aufsicht Magischer Geschöpfe im 4. Stock besteht aus den Behörden für Tierwesen, Zauberwesen und Geister. Bekannte Einrichtungen dort sind die Tierwesenbehörde, die Zaubereiwesenbehörde und die Geisterbehörde.

Im 5. Stock befinden sich die Büros der Abteilung für Internationale Magische Zusammenarbeit. Bekannt sind: das Büro des Internationalen Magischen Handelstandardausschuss, das Internationale Büro für Magisches Recht, und das Kontaktbüro der Internationalen Zauberervereinigung.

Im 6. Stock sind alle Büros der Abteilung für Magisches Transportwesen, die sich mit den magischen Verkehrsmitteln befassen. Genannt werden: die Flohnetzwerkaufsicht, das Besenregulations-Kontrollamt, das Portschlüssel-Büro, und das Appariertestzentrum

Im 7. Stock befinden sich die Büros der Abteilung für Magische Spiele und Sportarten Bekannte Stellen sind: die Zentrale der Britischen und Irischen Quidditch-Liga, der Offizielle Koboldstein-Klub, und das Büro für Lächerliche Patente

Im 8. Stock ist das Atrium, also der Ein- und Ausgang des Zaubereiministeriums. Nicht nur der Besucher-Lift kommt in der blau-goldenen Halle an. Entlang beider Seitenwände sind etliche offene Kamine für die Beschäftigten und Besucher, die mit dem Flohnetzwerk an und abreisen. Wer das Ministerium nur besucht, muss zunächst zum Tisch des Sicherheitsbeauftragten, um dort seinen Zauberstab registrieren zu lassen.

Im 9. Stock, also von der Eingangshalle aus einen Stock tiefer, ist die Mysteriumsabteilung. Sie ist die geheimnisvollste der Ministeriumsabteilungen, über die keiner im Ministerium etwas sagen kann. Denn wer nicht selbst dort beschäftigt ist, weiß nichts über die Arbeit dieser Abteilung. Die Eingangstür dieser Abteilung ist eine schlichte dunkle Holztür ohne Beschriftung, die sich am Ende eines langen fensterlosen Gangs befindet.

Der 10. Stock ist nicht mit dem Lift, sondern lediglich über eine Treppe vom 9. Stock aus erreichbar. Dort ist u.a. der sehr selten genutzte alte Gerichtssaal des Obersten Gerichts der Zauberer, des Zaubergamot.